Das hauptsächliche Ziel beim Biofeedback ist es körperliche Funktionen durch das Lernen des Feedbacks zu verändern sowie um das Wohlbefinden positiv zu beeinflussen wie beispielsweise den Blutdruck bei einer Erhöhung über die Norm zu reduzieren. Es wird dabei versucht Selbstkontrolle über die körperlichen Funktionen zu entwickeln. Zu diesen Funktionen gehören beispielsweise Blutdruck, Herzfrequenz, Atemfunktion, Muskelaktivität, Durchmesser von Blutgefäßen, elektrophysiologische Prozesse des Gehirns, Haut- und Körpertemperatur oder Schweißaktivität welches als allgemeines Maß für autonome Erregung betrachtet wird. Biofeedback wird heute meistens symptom-spezifisch und indikationsbezogen bei einzelnen Störungsbildern und Problemstellungen eingesetzt. Hauptsächlich geht es dabei um Störungen, bei denen eine Verbindung mit der Dysregulation physiologischer Prozesse anzunehmen ist. Für manche Krankheitsbilder weist sich Biofeedback als die beste Methode wie beispielsweise für Kopf- und Rückenschmerzen oder die Unfähigkeit etwas zurückzuhalten (Inkontinenz). Bei Behandlung von Migräne (willentliche Verengung der Temporalisarterie), Spannungskopfschmerz sowie Gesichtsschmerzen zeigte es große Wirksamkeit. Man kann behaupten dass Biofeedback-Training wesentlich in der verhaltenstherapeutischen Schmerzbehandlung ist. Es verbessert die Autoregulation. Durch Biofeedback kann die Wahrnehmung der Körpersignale und deren Interpretation verbessert werden. Gefühl von Schwere und Müdigkeit, sinkende Herzfrequenz, verminderte Atemfrequenz und vertiefte Bauchatmung gehören zu physiologischen Merkmalen der Entspannung. Diese können durch Biofeedback bewusst gemacht werden. Dadurch lernen die Betroffenen Kontrollmechanismen zur Reduktion der Spannung bestimmter Muskelgruppen kennen. Bei Kindern mit Kopf- und Bauchschmerzen wurde in mehreren Untersuchungen die Wirksamkeit nachgewiesen.
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